Zapata ha giocato anche per una stagione in Spagna con la maglia del Villareal che lo acquistò dall'Udinese nel 2011. Ma fu un' annata fallimentare: sia per lui sia per la squadra, retrocessa in Segunda Division. In effetti già il suo esordio non fu positivo: il Villareal perse 1-0 contro il non irresistibile Odense e fu proprio un errore di Zapata a spianare la strada ai danesi.
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