La sua seconda stagione italiana iniziò con lo 0-0 contro il Verona. Nei giorni seguenti, però, il giudice sportivo assegnò la vittoria per 3-0 a tavolino ai veronesi perché il giallorosso Diawara venne inscritto, per errore, nella lista under 22. In Coppa Italia, Fonseca venne eliminato agli ottavi dallo Spezia (2-4). Il portoghese, per sbaglio, fece 6 sostituzioni, violando così il regolamento. Dopo quel match, tra lui ed l'allora capitano Dzeko ci fu un diverbio. Fonseca concluse la sua seconda, ed ultima, stagione con la Roma arrivando in semifinale di Europa League e con il 7° posto in Serie A.
Nelle sue due stagioni in qualità di allenatore della Roma, Fonseca ha collezionato 102 panchine: le vittorie sono state 58, ha perso 28 partite e ne ha pareggiate 21. LEGGI ANCHE: Calciomercato Milan – Pobega la chiave? La pedina per tre possibili colpi >>>
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