Arrivato al Milan a fine 1999 per 40 miliardi di lire, dopo delle ottime stagioni con la maglia dell’Atletico Madrid, José Mari doveva essere la spalla ideale per i due bomber rossoneri Oliver Bierhoff e Andriy Shevchenko, arrivato pochi mesi prima quasi per la stessa cifra. Ma l’epopea dello spagnolo in Italia non è stata delle più rosee, con pochi gol segnati (5 in 52 presenze in due anni e mezzo, ndr) e prestazioni non all’altezza delle aspettative, nonostante in Europa le cose fossero andate un po’ meglio (9 gol in 23 gare, ndr), ma non abbastanza. Nell’estate del 2002, José Mari torna in prestito in Spagna per poi non tornare più in rossonero.